پژوهشکده علوم انسانی اسلامی هم اکنون دارای 7 گروه علمی است. 

1) فلسفه علوم انسانی اسلامی

2) تعلیم و تربیت اسلامی

3) سیاست اسلامی با ریاست دکتر سید سجاد ایزدهی (استاد گروه سیاست پژوهشکده نظام های اسلامی پژوهشگاه فرهنگ و اندیشه اسلامی)

4) مدیریت اسلامی با ریاست دکتر ولی الله نقی پورفر (دانشیار دانشکده الهیات و معارف اسلامی دانشگاه قم)

5) اقتصاد اسلامی با ریاست دکتر سعید فراهانی فرد (استاد گروه اقتصاد اسلامی دانشگاه قم)

6) معنویت اسلامی با ریاست دکتر مهدیه سادات مستقیمی (دانشیار گروه فلسفه و کلام اسلامی دانشگاه قم)

7) حقوق اسلامی با ریاست دکتر آیت الله جلیلی (استادیار گروه حقوق دانشگاه قم)